但是军队地调派完全由大都督府负责，兵部不过是大都督府的后勤保证和附庸。这样的安排，实际上李定国已经没有任何的权利了。、
但是大家都知道，朝廷里的官职不过是一个称呼罢了，朱由栋也明确表示，李定国依然是领军的将领，不过是在朝廷挂一个职位而已。朱由栋也不可能放着，李定国这么一个军事将领不用，然而只让他在朝廷里当以个什么尚书。
随后就是对李定队的整编，由于李定国的军队成员复杂，数量在两万左右。朱由栋决定让林可佳的平虏卫南下，由王之礼和贺道宁带领去整编李定国的军地，然后在昆明展开为期两个月的整训。
朱由栋安排军队整训，并没有立即任命军队整编后的将领。朱由栋要让军队训练完了，在任命将领，这样一来就可以乘着整训的机会，对士兵进行洗脑，也彻底对军队进想整编。
听说朱由栋要将军队放在昆明整训，李定国道：“平虏侯难道不准备进攻清军？让军队在昆明整训达到两月之久，恐怕清军在湖广的方向已经彻底的稳固了。”
朱由栋道：“这些都不怕，天下没有攻不破的防线。只要我们的军队够精锐，什么防线都不会牢固。何况我们在重庆还有几万军队，现在在湖广有多少军队？”
李定国道：“清廷在湖广的军队是不多，但是他们能从江西调军队来援。有了江西的军队，湖广军队不说一定能展开进攻，防守还是没有什么问题的。”
朱由栋道：“我要的就是，清军将江西的军队调到湖广来。我们抓获了清军派往云南的钦差，他说了，清廷是在等云南的大军回援。所以清军在湖广的军队，根本就不会进攻，最多就是防守。”
李定国道：“这消息可靠吗？就算是真的，我想也要组好防备。如果清军突然袭击，免得到时候。我们措手不及。”
朱由栋道：“这是当然，何况我们的军队，是时刻在准备攻打清军，对清军的监视一刻也不敢放松。”
李定国道：“既然大军片刻也没有放松，为何平虏侯现在要让大军空等这几个月呢？”
朱由栋道：“复明军从去年起兵一来，几乎是长达了十个月的征战。将士们一刻也没有休息，这么长时间的征战。将士们都疲惫了。再战下去，我们的将士不光有厌战的情绪，还要面临更多的伤亡。”
朱由栋看了一下李定国道：“晋王的军队，恐怕也是疲惫不堪。自从永历十二年征战开始，已经劳师奔波了接近两年，就是铁打的士兵，恐怕也厌战了。所以趁着清军停战的这个时间，我们也让将士们休息一下。”
一旁的张煌言和李来亨也都赞同，道：“是啊，以往从来没有让士兵作战这么久过，如果在不让士兵休息，厌战还算是好的，若是闹出了兵变，可就得不偿失了。”
朱由栋道：“当然，我们的军队也不是一成不动的休整，要轮番的出击，对地方上的土匪，强盗进行打击。清剿一些散入山里的清军势力，还有那些不愿意出山，坚决抵抗我们的土人。”
听见朱由栋这样的安排，李定国道：“也好，肃清了这些地方上的不安定分子，我们才能放心的抗清。”
朱由栋道：“我要的还不止这些，清剿这些抓获的战俘，全部交给工部。”一旁的张煌言听见要将这些战俘交给自己，顿时好奇道：“侯爷，这些人交给我做什么？不如直接交给地方官府看押就好了。”
朱由栋冷哼一声道：“交给地方官府？我还要出钱养活他们，直接交给工部，工部要用这些人，将云贵川三省的官道，加固，修宽。方便军队和辎重车队经过。”
张煌言吓了一跳，道：“侯爷，我没听错吧，要加固加宽云贵的官道？”也不怪张勇吓一跳，这云贵的官道可不好修。说起来是官道，但是好多地方，根本就没法通过，都是在半山上凿出一条通道，也仅仅能让一人一马通过，所以云贵大军的物资供应才会如此的艰难。
朱由栋道：“当然，这些战俘，不服王化也就罢了，还想对抗天兵。被俘虏了居然还想让我白养着他？我朱由栋不当这个冤大头。”
张煌言道：“侯爷，这恐怕有些难，云贵等地，山高路险，怎么修啊。”朱由栋道：“怎么会没法修呢？遇水搭桥，遇山开路就是了。如果是开山需要，我允许你去调动火药开山。但是你要将这东西看管严实，流出去了，可就麻烦。”