运河遭受攻击后，崇祯皇帝再无与多尔衮战斗下去的决心，而多尔衮亦心照不宣，连夜将八旗军撤往张家口，酝酿多日的明清决战竟然如此草草收场。
朱由检随即派谷大用率兵东进，沿运河南下，切断刘芳亮退路，力求将流贼歼灭于淮河以北，山东以南的平原地带。
于此同时，忠亲王多尔衮率领八旗军主力，匆忙向口外撤离，建奴以军功立国，靠掳掠其他民族获得民族凝聚力，现在这个军事体制行将崩溃，多尔衮的号召力也就没那么强了。当然，对于多尔衮来说，眼下还有更重要的事情，那就是回到盛京，与豪格贝勒争权。八旗军在密云受挫后，盛京关于忠亲王的流言蜚语越来越多，甚至有人议论说辅政王已经被明国买通，否则很难解释，为何所向披靡的八旗劲旅，在多尔衮带领下，连连败于明国，而且是像密云这样的小城。
不管如何，明清明清双方心照不宣，都选择了退兵。
崇祯十七年六月初六，谷大用率领两千新军抵达山东临清，在临清附近烧杀抢掠的刘芳亮部提前得到消息，准备向南逃窜，却被左良玉麾下大军死死堵在了运河以南。这位左良玉，平日里遇上流贼只是逃走，或者在朝廷三令五申下稍稍抵抗，只为保存自己实力。不过这次他对妄图南逃的顺军却是毫不手软，几乎把所有亲兵都押上了。
两三年前，奴酋阿济格率八旗一部破口而入，攻略大明，从喜峰口一直打到山东腹地，奔驰上千里，明军触之击溃如，鞑子入无人之境。那时候也没见到左良玉如此强悍。
话说回来，这也难怪，由临清再往南，就是左良玉的地盘，对于这位准军阀来说，人可以死，地盘是不能丢的。
更何况对付流贼，明国将官自然平添很多信心，在他们看来，流贼与鞑子不可等日而语。简单来说，明人在内斗这件事情上无疑更有天赋。
顺军发现很难突破左良玉大军防线，便使出了他们从前惯用的伎俩，派遣使者向左良玉贿赂，希望对方能高抬贵手，放自己一条生路。
就在左良玉犹豫不决，不知该当如何时，谷大用率领两千新军杀来了。接下来的事情过于平淡，无需多说，总之是刘芳亮部伤亡惨重，三四千人只逃走了一千人不到，死去的流贼都被谷大用派人投进运河，祭奠死难的英灵。
刘芳亮策划并实施的这场杀戮几乎让朱由检陷入绝境，倘若多尔衮再晚走些时日，也许北京城已经让鞑子攻破了。