崇祯二十七年五月十五日，六万明军分东、中、西三路，在平南王李定国，兵部尚书张国维，台州游击益田素子率领下，在浙东一战击败倭国援兵，阵斩倭将田川七左卫门，田川七左卫门的另一个身份是郑芝龙之子，是郑森也就是郑成功的胞弟。
朱由检宅心仁厚，近来佛法颇有造诣，《金刚经》已经抄写到第一千三百十七遍了，而且这位田川七左卫门在历史上风评颇佳，后世倭国平成废宅还将其作为偶像······朱由检本不想妄杀，奈何田川七左卫门不远千里从长崎赶来送死，而且临行之前还将朱由检设立在伊豆、萨摩、长崎等地的商业据点全部破坏，残害明国商人无数，考虑到明国接下来将开拓东南，商业版图将拓展到东南亚澳洲等化外之地，类似田川七左卫门这样冥顽不灵之徒，不杀不足以彰显天威。
于是这位原本历史上可以安享晚年的田川七左卫门，在崇祯二七十年，被大明皇帝下令押送回京，凌迟处死，以儆效尤。
击败倭国援兵后，郑氏盘踞舟山的舰队很快被全部歼灭，三万多冥顽不化的海盗或死或伤，考虑到这些海贼屡教不改，教化成本较高，崇祯皇帝下令，十三岁以上者，皆处死，尸体抛入大海，喂食鲨鱼。
郑芝龙高薪招募的荷兰雇佣兵以及两千多名幕府残部，战斗到最后一刻，给明军重大杀伤。朱由检对这些人的坚毅果敢颇为欣赏，除将其将领斩杀外，其余人等，既往不咎，皆送往北直隶血汗工厂，他们的余生，将在矿场庄园中，发挥更大的价值。
舟山海战，前后持续半月，附近海域，尽被血色染红，上千艘海盗战舰被击伤击沉，除十几艘飞剪船侥幸逃脱，其余全部覆灭。
纵横大明东南海域十余年，一度听封不听调的福建郑氏，终于迎来了它的末日。
五月十七日，明军正式登陆舟山，扫除郑氏残余势力，当天下午，贼首郑芝龙及其亲信藏匿之处被明军发现，罪魁祸首郑芝龙伪装成水手，在一艘即将离港的飞剪船上被李定国手下截获。
一起被俘的还有郑森、郑彪、郑一虎等人。
郑氏一族在舟山几乎被一网打尽，除了几个驻守厦门的郑氏部将，其余人等皆被朱由检擒获。
“你就是郑森，崇祯十七年，朕不是赐你名叫郑成功吗？为何不用呢？”
郑森歪着头，一副大义凛然状，眉宇之间却流露出年轻人常见的桀骜不驯。
跪在他旁边的东南王郑成功满脸堆笑，他双手被反绑，却不停朝崇祯皇帝扣头。
“皇上，臣一时糊涂，听了红毛人鼓动，这才冒犯天威，臣有罪，皇上宽厚，不要杀臣！不要杀臣！”
他边说边使劲儿磕头，朱由检一脸肃然，目光投向远方，见皇上这样，郑芝龙连忙扭着身子往前，想要朝朱由检身上趟。
“皇上，臣冒犯天威，臣有罪，臣愿献出家财，献出白银三百万两，只求饶臣全家性命·······”
朱由检脸上露出淡淡笑容，他对郑芝龙的道德水准本来就不抱什么期望，知道他会求饶，就像原本历史上他面对满清招抚时表现的那样。