继任成为能岛村上家族的家督后，村上武吉除了继续经营水军的老本行外，也将目标放远积极推动能岛的海外贸易发展，坐拥数个沿海分国的毛利家族，便是其重点贸易对象。
不久之后，一直充当能岛村上家族后盾的大内家族当代家督大内义隆，受到家中武功派重臣陶晴贤谋反杀害；翌年陶晴贤迎大内义隆的侄子、大友宗麟之弟晴英继承大内家，是为大内义长。
成为大内家族家督以后，大内义长意欲向京都天皇进贡米两千石，就下令由陶晴贤麾下的屋代岛白井水军经海路上洛；白井水军途中通过能岛村上家族的势力范围时，傲慢的白井水军不但无视村上武吉设立的关卡拒缴帆别钱，更欲强行以武力突破。
收到讯息的村上武吉大怒，火速点兵出战，在其必经之路蒲刈展开伏击，这场激战以白井水军惨败而告终；船上大内义长欲进献天皇的两千石大米悉数被村上武吉没收，双方关系从此恶化。
此战过后数年，势力日渐强盛的毛利家族家督毛利元就与陶晴贤全面对决，在严岛筑宫之城引诱陶晴贤率大军来攻，水军实力远不如控有白井水军的陶晴贤的毛利元就便向三岛村上水军求援。
当时因岛村上家族的村上吉充很早便已答应协助毛利元就，派遣了其家族重臣末长景通参战助阵，并遣村上武吉姻亲乃美宗胜替毛利家族游说村上武吉；武吉性格一向沉着冷静，听完了乃美宗胜来意，也不表示可否，只说要看来岛村上家族的意向再做决定。
那时毛利家族和陶氏家族双方都来向来岛村上家族当代家督村上通康请援，两者相比虽然陶晴贤的实力比较雄厚，但是因为村上通康的主家河野家族与大内家族乃是宿敌，所以表示要支持毛利家族，因而村上通康也同意支持毛利家族。
既然三岛村上家族已有两家投向毛利家，村上武吉便也同意出兵；但他只答应援助毛利家族一天，到期就会自己撤军；不久，毛利军与陶晴贤军在严岛爆发大战，即著名的严岛之战。
仅有三千五百名水军足轻的毛利水军在雨夜中，对总兵力两万余人的陶晴贤军发动了奇袭，其中村上武吉率领的三百船队特别骁勇，一举将陶军水军主力白井水军击退立下大功！
严岛之战后，毛利家族和伊予河野家族正式结盟，将原来屋代岛水军白井家族的领地屋代岛给了村上通康；而最早加盟毛利家族的因岛村上吉充也得到了备后向岛，战后同样帮助毛利家族占领周防长门并封锁海路以擒抓大内义长的村上武吉只得到几个小岛，这使得村上武吉感到十分不满。
两年后，村上通康过世，由其四子村上通总继任为来岛家族第五代家督；数年后，就在毛利家族与九州岛强豪大友宗麟在九州岛筑前一来一回地胶着战时，村上武吉与大友、三好加深了关系。
本来从属毛利家族的村上武吉，心中一直对毛利家族的赏罚不公有愤懑，后又受大友宗麟以海上贸易的巨利引，便选择诱倒戈与毛利家族为敌，将其麾下水军开往周防港口；如此一来，同来的来岛水军村上通总成为海上孤军陷入苦战，由此之后来岛村上家族与能岛村上家族彻底反目！