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但是，由于复仇者联盟的几次行动给各个国家带来巨大的损失，受迫于各国压力的联合国，出台了索科维亚协议。
在索科维亚协议中，规定了复仇者联盟必须接受联合国的管理和监控。
担心自已人身权利的复仇者联盟内部，因为是否签协议起了争执，托尼虽因为研发奥创间接引发了索科维亚大战，产生愧疚。
但奥创军团的失败以及自已的机甲无人ai控制军团成功，还有过去在身上所发生的种种一切，让托尼意识到，他们不能接受签署协议。
于是托尼决定站在反对签署协议的一边，而随着时间问题，让托尼他与支持签协议的美国队长之间分歧越来越大，最终因为赫尔穆特泽莫炸毁联合国会议室的问题，而引发了复仇者联盟的内战。
莱比锡机场大战之后，凭借着机甲无人ai控制军团，而胜利的托尼，虽得知冬日战士受到了诬陷，美国队长的目的应该是正确的，但不愿就此认输的托尼，在心底里过意不去。
托尼便来看望战斗失败，而被他关押的支持签署协议的英雄们，之后从猎鹰山姆处知晓了美国队长和冬日战士的位置，他匆忙拿上雷霆之剑，想赶到西伯利亚，和美国队长、冬日战士一起探寻九头蛇组织的旧基地，挫败赫尔穆特泽莫的阴谋。
但是也正如此，托尼还是和美国队长、冬日战士中了泽莫的计策。
在对话中，托尼得知当年杀害他父母的人就是冬日战士的真相，因为仇恨而陷入了疯狂，独自一人和美国队长及冬日战士展开大战。
最后手持雷霆之剑的托尼，虽被美国队长盾牌打中了方舟反应炉而失败，但是美国队长的盾牌，冬日战士的金属手臂，以及冬日战士的性命，也被打入重伤，需要休眠疗养。
在这之后，美国队长、托尼两人彻底决裂。
虽然从西伯利亚回来之后，托尼收到了美国队长的道歉信和一部联系电话。