01年9月，越来越多的流言显示，乔丹将在新赛季复出，但乔丹本人一直保持缄默。据悉，乔丹本来打算提早公布复出的决定，但“9·11”恐怖袭击事件让他暂时推迟了这一决定，两周后，乔丹正式宣布复出，并表示他会将自己第一年的全部薪水捐给在这一事件中遇难同胞的家属。
38岁的乔丹回到了NBA，这绝对是天大的新闻。美国所有媒体都在第一时间播报了这一消息，一家体育电视台的主持人激动地高喊着：“流言正式结束了！史上最伟大的球员回来了！他穿上了奇才的球衣！”
时任联盟主席的斯特恩也在第一时间送上了祝福：“欢迎乔丹回来，这件事让我很高兴，但同时也有点沮丧，因为那意味着在董事会会议上，我们看不到他了。乔丹总能给全世界的球迷带来快乐，在如此艰难的时刻（指911事件），我们总算可以在生活中增添一些欢乐了。”
在此之前，乔丹曾经在95年宣布过复出，当时他没有召开新闻发布会，只是用传真的方式昭告天下：“I'm back（我回来了）”。这一次，他没有拒绝和媒体交流，甚至接受了一家媒体的独家专访，敞开心扉谈论自己的复出。
主持人对乔丹说：“当年你说过99.9%不会复出，谁也没料到这0.1%竟然真的实现了。”
听到这句话，乔丹笑了。“这就是为什么我不说100%的原因，你永远不会知道未来会发生什么，如果你说了永远不会，那你得搞清楚凡事皆有可能的道理，”乔丹说，“我不会那么说，因为我对这项运动始终有爱，但当时我确实想好要彻底退役了，所以我说了99.9%。”
在乔丹看来，NBA的那些年轻球员在面对40岁的他时，会比他更加紧张，因为他们根本不知道乔丹还能做些什么，乔丹还是不是以前那个乔丹，而乔丹会用自己的数据和表现给他们一个期待已久的答案。
乔丹在奇才复出的那两年，华盛顿的主场球票一场不落地全部售罄，就连客场的球队只要和奇才比赛的场次，也跟着沾光，奇才是那两年客场球票销量排名第二的NBA球队。NBA目前为止最高的单场票价就是在那时候创下的，03年，乔丹率奇才客场挑战尼克斯时，坐在乔丹背后的那几个座位票价高达5.4万美金，创下了NBA有史以来的球票最高单价纪录。
正式复出前的8场季前赛，乔丹一共打了158分钟，拿下135分，在对篮网的一场比赛中，乔丹独得41分，其中包括第三节6分钟内拿下的16分，即便两年多没有打球，他依然是一个可怕的存在。
那些费尽心思买到球票的球迷没有失望，在01-02赛季出战的60场比赛中，乔丹交出了一份场均22.9分5.2助攻5.7篮板的答卷。01年12月29日，乔丹在对黄蜂的比赛中一人轰下51分，成为了NBA史上单场得分50+年龄最大的球员，当时，他即将年满39岁。两天后，乔丹又砍下45分的高分。02-03赛季，乔丹打满了82场比赛，是全队唯一一个赛季全勤的球员。在全明星赛上，他超越了贾巴尔，成为了当时全明星历史上的得分王，后来这一纪录在2012年被科比打破。03年2月21日，乔丹在对篮网的比赛中轰下43分，他刚刚在4天前度过自己的40岁生日，就此成为了NBA历史上唯一一位单场拿下40+分数的40岁球员。
乔丹的赛场表现很疯狂，但他的内心其实有些紧张，只不过他的紧张不是对手造成的，而是球迷。“那两年，我走进每一座球馆时，我的内心都很紧张，因为我能感受到球迷们的那份期待，我希望自己对得起那些期待，我想要一个皆大欢喜的结局。”回忆起为奇才效力的两个赛季，乔丹说道。
这就是乔丹，他始终奔跑在挑战和追求完美的路上。
2009年，在名人堂的入堂仪式上，当时46岁的乔丹留下了这样一句话：“有一天，或许你会看到50岁的我站在球场上比赛。永远别说永远，因为我们所遇到的那些限制，比如恐惧，往往只不过是一种幻觉。”