从突击队进入大楼开始，一直到把六层楼的日军全部肃清，时间过去了三个时。此时只有楼顶上的日军没有解决了，从六楼到楼顶只有一道十来米长的笔直的楼梯，尽头是一道铁门，通过铁门后才能到达楼顶平台。为了通过这十来米的楼梯，战士们又抬来了在攻击中很好用的钢板掩体。
此时的楼顶上加上从大楼中退上去的日军，少也应该有二、三百名。并且可能会有大官，因为从冲进大楼开始到现在，击毙日军军衔最高的只是一名中佐。庄韬不信这座司令部大楼中没有一名日军高官。在六楼的楼梯口，看着目光尽处那扇关闭着的铁门，庄韬的心中闪过了一丝不安。
因为铁门是关着的，因此有一名尖兵朝铁门冲了过去，当冲到铁门前时，这名尖兵用力的推了一下铁门，这扇铁门纹丝不同，应该是日军从楼顶把它给堵上了。这时楼前广场上的日军虽然是尸横一片，但仍然不休不止的向大楼发起了一次次的冲锋。
站在六楼窗口观察了一下日军的庄韬，见日军的注意力已经全部朝向了大楼，而对大门和缺口处已无多少人去注意后，便拿出了信号枪，在六楼上对空打出了三发红色信号弹。这是自己已经得手，让部队全面进攻的信号。信号弹打出去不久，从司令部外的华夏军队驻守的方向就传来了战车发动机的轰鸣声，以及华夏军队的喊杀声。
华夏军队的动静让院子中的日军乱成了一团，有想继续往大楼冲锋的，有想转身对付冲来的华夏军队的，因为大楼的失守，让日军的指挥系统也陷于瘫痪中，院子里的基层指挥官只要敢露头就成为了狙击手和神枪手的目标。因此日军的混乱直到华夏军队冲进了司令部大门也未能结束。
在突击组和外围军队的夹击之下，院子里的日军已是强弩之未，对华夏军队的抵抗也越来越弱。这时突然在大楼的楼顶上响起了机枪的声音，几挺机枪居高临下，一下让没有防备的中国军队死伤一片。幸亏还黑着，几挺机枪只是借着有限的灯光和楼顶上佤探照灯，向着华夏军队进攻的地方开火，所以华夏军队的死伤还不算太大。
院子中的华夏军队立刻利用日军留下的掩体工事，架起了重机枪，对着楼顶有机枪火光的地方进行还击。六楼里的韦二喜在楼顶的机枪打响时，就焦急起来，立刻命令在铁门边上放置高爆手榴弹，进行爆破。随着手榴弹的爆炸，这扇铁门飞了出去，与此同时，日军的机枪子弹也朝门里飞了进来。
这时，到了钢板掩体发挥作用的时候了，几名战士合力抬着钢板堵在了炸飞的铁门处，两名突击队员，利用钢板上的洞口向楼顶平台上的日军开始扫射起来。很快，几挺机枪先后被击毁，而楼顶上的日军也被击毙了多半。突击队的战士见楼顶上的枪声稀疏起来，便移开钢板，先扔出了几枚高爆手榴弹后，冲上了楼顶平台。
随着突击队的战士不断的冲上楼顶平台，楼顶平台上的枪声由密到疏，当庄韬跨过门槛上到平台上时，发现只有二十多个日军被围在了平台的一角，日军士兵中间有几名日军军官，从军衔上看，最高军衔的是一名少将，还有一名大佐，二名中佐。
庄韬来到了队伍的最前面，用日语了句：“你们投降吧！”那名少将摇了摇头，用中文道：“大日本皇陛下的武士是不会投降的，让我们用武士的方法来决斗吧。”完从身也拨出了指挥刀。其余的日本兵也纷纷退出了三八式步枪里的子弹，准备和华夏军人拼刺刀。
庄韬摇了摇头，道：“不投降，那就只有消灭你们。开火！”随着庄韬的命令，几十支手持机枪，轻机枪喷吐出了火舌，二十几名日本士兵和几名军官都被密集的子弹打成了烽窝，去见他们的照大婶去了。
当最后的日本兵被消灭之后，楼顶上响起了欢呼声，紧接着大院内的欢呼声也随之响起，这欢呼声经久不息，传向四面八方。此时东方已露出了一线鱼肚白，黎明即将到来。
张治中将军从睡梦中被副官叫醒后，听副官汇报补充旅和独立营己趁夜攻占日军司令部大楼，并击毙日军少将一人，大佐一人，其余军官二十余人时，一下睡意全无，兴奋之情溢于言表。并立刻赶到电报室，向南京总指挥部和委员长发出了报捷电文。
当张治中将军赶到日军司令部大楼时，补充旅的战士们已经快打扫完战场了，成堆的日军尸体堆放成几堆，准备倒上汽油焚烧，而被击毙的日军少将岛田繁太郎的尸体和另几名高级官佐的尸体排放在一边。大院中是一排排在这次战斗中牺牲的华夏军人，这些军饶遗体排满了整个大院，不下几百具之多。
在这次战斗中，独立营也牺牲了一百多人，犹其是昨夜里在突击行动中牺牲的二十二位战士，这是警卫连的老人，更是独立营的骨干。这些饶牺牲让庄韬痛心不己。张治中将军先没有询问战情，而是和随行人员来到了牺牲的士兵前面，先是脱帽鞠躬，然后向他们庄重的献上了军礼。
做完这些之后，张治中将军才走到了杨文瑔、杜海峰和庄韬三人面前。三人见张治中将军过来了，同时立正敬礼。张治中将军回过礼后，杨文瑔上前一歩道：“报告长官，我补充旅完成攻克上海日军司令命之仼务，击毙日军岛田繁太郎少将以下官兵一千三百余人，俘获六人。请指示。”
这时庄韬也上前了一步，手捧日军指挥刀道：“长官，这是日军岛田繁太郎将军的佩刀，特献给长官。”张冶中眼含笑意的从庄韬手中接过了这把指挥刀，把玩起来。这把指挥刀在手柄位置上有黄金菊花的镶嵌，手柄上也是涂金的。一般有黄金菊花镶嵌的指挥刀都是日本皇亲赠，十分难得。
张治中将军把玩了一会指挥刀后，转身递给了身后的随从，然后道：“诸位辛苦了，能攻下上海日军司令部，击毙日军少将一人，佐官多人，诸位功不可没，我定会向总指挥部和委员长为诸位请功。这个岛田繁太郎是什么身份搞清楚了吗？”
杨文瑔答道：“报告长官，经过审讯俘虏，已经搞清楚这个岛田繁太郎的身份了。他是日军驻上海最高指挥官盐泽幸一中将的手下，仼日军在上海驻军参谋长一职。昨下午，盐泽幸一趁日军军舰炮击我军，我军撤退之时，带着部分军官和卫队离开了司令部大楼，从汇山码头登船，去日舰出云号与日军第三舰队司令官长谷川清中将见面去了，这里留下了这个岛田繁太郎参谋长负责指挥日军抵抗我军的进攻。”