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在九月四日，朱翊钧就下诏，逮石星下刑部大狱。
这有很大一部分原因是南原一战，既丢了里子又丢了面子。但内阁三人，包括沈一贯心里都清楚，其实陛下在迁怒。当初和谈事败之后，他还上了一疏，建议陛下‘令其致仕’就好，希望能搭救一把。而今石星直接就下了刑部大狱，等待他的，恐怕就是三法司会审，然后定罪……
九月十三，稷山传来捷报，但与此同时，三法司会审石星也有了结论，定的是‘隐匿军情失误律’，论死，妻、子永远发边充军，沈惟敬处斩。
稷山战役后的九月十六，鸣梁一战李舜臣可谓重创倭水师。但终究还是力量过于悬殊，此役之后也并未阻止倭水师北上，直抵右水营以北的罗州川口等地，而李舜臣也被迫退到了全罗道海域的大后方。
到这里，倭寇算是完成了既定军事计划：打下全罗道后就退兵至沿海筑城，不得继续深入。所以在完全压制了西海域之后，倭水师选择了撤兵。
而在鸣梁海战的同一天，毛利秀元左军的诸大名在井邑曾讨论过一次，其结果就是停止北上，转而全部南下。宗义智的家臣当天就从任实撤回南原，九月十八又撤往求礼，而另一家臣要时罗则撤向谷城。岛津义宏从井邑撤向东南方的淳昌、潭阳。
十九日，又有数千倭军撤往南原，第二天又撤向东面的云峰，经云峰一路烧杀抢掠直到咸阳。
二十六日，岛津义宏父子又撤往全罗道最南的海南，而几乎同时，锅岛直茂父子撤向海南东北方的康津。
左军忽然‘哗啦啦’的全部南撤，让汉城原本很紧张的气氛一下就松了，警报随即解除。
起初麻贵还不相信，心里不停犯嘀咕：“这就奇了……”
他生怕这是敌人的诱敌深入之计，直到情报传来也将信将疑：“娘地，果然都撤了？”但撤的原因无从知晓，所以麻贵还是一脸懵逼。
李如梅一听倭寇已撤，不禁又兴奋起来，他找到杨鎬，说道：“闻全罗道有留屯焚荡之贼，我欲追杀得大功！”
杨鎬笑而不语，他心知李如梅这是立功心切，于是他找到麻贵商量。
麻贵虽说心存疑虑，但还是答应了李如梅的请求，打算分他几支兵马给他，让他去追杀贼奴。
汉城危机解除，朝鲜国王李昖沉浸在巨大的喜悦中，喜悦之情都快溢出胸膛，遂当即决定花车巡游，向京畿百姓宣告天朝陛下的隆恩。
此时的他，也许早忘了当初，他和柳成龙是怎么拒绝万历皇帝的圣旨：开城、平壤二处开府立镇，西接鸭绿、旅顺，东援王京、乌岭，势便则轻兵以趋利，不便则虎踞此处以压邪心，练兵屯田，用汉法以教朝鲜之人，通商惠工，开利源以佐军兴之资。选贤用能，立长帅以分署朝鲜八道之事……
“天朝虑我国无粮，而此持久，非偶然也！”
“元朝设征东省于昌原，而久留贻弊；今此奏文，不须断然防之，只陈难行之事可矣！”
好一个‘难行之事’！为此，朱翊钧还恨得牙痒痒，尼玛老子还缺钱呢，还要勒紧裤腰给你出钱出兵？
与国王李昖持截然相反态度的李朝中流砥柱—柳成龙，却表现的异常‘冷静’，对于稷山大捷只用了简单几字来描述：贼从京畿还退。
杨鎬对他早就一肚子气，不过这时也懒得与他计较，在他与麻贵商量之后，于九月底派出一支先锋自王京南下。
十月三日，在全罗道井邑西北方的扶安、边山烧杀抢掠的倭军兵分两路，撤退到东南方的云峰。四日，南原城内的倭军也准备撤离，在镇安的朝鲜乡军一路追击，最终在吾原驿附近追上，随即展开剿杀，而跟在乡军身后的明军先锋也一同斩获四枚首级，生擒一名士兵，直至五日半夜，又有斩获。
到了六日，杨经理听闻倭贼尚在全罗道任实、南原，数量不多且有不久将退之意，他心中大喜，这不正是立功的好机会？
七日，杨鎬派出副总兵李如梅、参将解生、游击颇贵、摆塞、牛伯英，领五千兵马南下追击贼寇。麻贵也随后亲自出兵，于十五日抵达全州，十六日又南下，途径任实，在距南原十多里外的北栗岘停兵屯驻。
退至谷城的要时罗纵火准备烧毁谷城，然后撤向求礼、顺天。与此同时，南原附近的明军碰上数十名倭军押送几百名朝鲜苦力返回南原南村，双方短兵相接，在射杀两名倭寇之后，很快剩下的人及朝鲜苦力便落荒而逃。
南村战役打得果断，结束后明军继续南下，又在求礼渡口潺水驿设下埋伏。不久便遇到从顺天而来准备渡江北上的倭军，人数有四十多名，于此处正中埋伏，双方随即拔刀相向，很快埋伏在后方的大部队又一拥而上，以骑兵冲击，弓箭射击。倭寇自然不敌，想渡江南逃但又被明军追上，最终被斩获二十枚首级。
明军一路打了几场快速的小战役，收获不错，接着麻贵的家丁又前往柳川调信驻守的求礼城，一抵达，二话不说即展开战斗，只是这次，贼兵四处围抱，明军不敌很快败走，但也斩获了四枚首级。
于此战的同时，留在北栗岘阵地的麻贵与李如梅等将领，正商量如何进攻求礼城。一来倭军人数占优，二来求礼城地势险要，不利于骑兵作战，而且此时明军已经缺粮三日了。遂不得不停止向求礼进兵，末了还是选择撤回獒树驿驻扎。
十七日后，麻贵为避开求礼倭军的锋芒，选择从獒树驿移至西南方的长城郡，而倭军方面，由于求礼一战也受了惊吓，柳川调信从求礼撤向了蟾津江，之后乘船进入南海，撤往庆尚道的流川岛，于岛屿四周开始筑城。
宗义智也从闲山岛移到此处，与柳川调信一同驻守流川岛。
此外，在海南的岛津义宏父子，康津的锅岛直茂父子本想从全罗道南部乘船撤向庆尚道，但中途出了岔子，这两家又不得不再次兵分两路北上至南原，与柳川调信一样从蟾津江撤向庆尚道。
二十三日，岛津义宏分兵为二，他由玉果至南原，而锅岛从淳昌出发，到达南原附近。很快得到消息的麻贵从长城郡发兵，直追锅岛至淳昌。遭遇战即可打响，虽历时不长，但以麻贵斩获锅岛军十八枚首级结束。
二十四日，岛津义宏向南原东南的求礼进发，而锅岛则从东面的云峰进发。休整几日后，岛津父子再从求礼出发，当日便退到了泗川城。
锅岛父子越过云峰也撤向了庆尚道，其沿途经过咸阳、山阴、三嘉，准备撤往东面的咸安。庆尚道右兵使金应瑞闻讯，当即率朝鲜军追赶锅岛军，此时锅岛已从三嘉直下宜宁，一半的军队已过了鼎津，只要渡过鼎津就能到达咸安。
同时也有小股明军赶到鼎津，与金应瑞合势共同追击正在渡河的锅岛军。联军突入敌阵，但很快陷入险境，最终联军还是拼死一战，才突出重围。不过此战联军所付出的代价不小。
锅岛父子此战之后很快撤往了咸安，之后又向东面的昌原移动，并留屯于此。
倭寇南撤之后，丰臣秀吉亦向他们下达了沿海筑城的命令，他本计划各处城砦修好以后，除加藤清正、小西行长、岛津义宏、浅野幸长等部继续留守朝鲜沿海诸城外，余下倭军尽数撤回日本本土。
自此，战国军队侵朝的势头已呈强弩之末之势。