早在正月间，内阁就召集了一次各部、寺参与会议舟师问题。
因朝鲜水师在漆川梁海战惨败，也导致朝鲜战场上急需一支能战的水师。但此次会议却与蔚山战役没多大关系，实为讨论捣巢日本本土的计划。
这提议是御史徐兆奎所题，兵部讨论之后，觉得可行，不但赞同了徐兆奎的意见，还描绘了一幅攻打日本的大致蓝图。
关酋背道逆天，虐用其众，闻各岛愤怨已非一日，纠合出奇，诚因势利导之策也。举事莫先于浙，尤莫便于闽、广，以日本多两省之人，可以响应。两省多近洋之国，可以结联，加之商贩杂出其间，可以别用。是在各督抚，同心秘计，随便酌行，如忠义可鼓，勿待正兵。事机可乘，勿待奏报，而一切假之便宜，毋以议论束缚，致令掣肘。
对此计划，朱翊钧表示同意，也很快做了响应，将熟知日本情况，并有意愿出兵攻打日本的广西总兵童元镇调至浙江，又把浙江总兵李应诏调至广西。
但就在下达了两省易帅命令之后，广西就爆发了瑶民叛乱，为了镇压瑶民，童元镇不得不拖延上任时间，广西巡抚还上疏请求暂留童元稹，等事平息之后，再放人赴浙江上任。
朱翊钧只得同意，但另一边，浙江巡抚也考虑浙江同为海防重地，又上疏朝廷催童元稹尽快赴任，如若不行，则请求留下原浙江总兵李应诏。
由于广西战事的拖延，童元稹也迟迟未能赴任，于是捣巢日本本土的计划也就此搁浅。
在蔚山之战结束后，后续新到的援军有蓝芳威统领的五千浙兵驻守公州，继续开赴朝鲜战场的还有：三月二十从张家湾起行的5100广东兵，由陈璘统帅；正月里就起赴的二千南赣营兵，由傅良桥统帅；一万川兵，由刘大刀统领，将抵辽阳；一千福建兵，有许国威统领。
开赴中的水师有李天常统领的两千吴淞水兵；万邦浮统领的二千南京水兵；已驻扎天津的1300福建水兵，待造完船后出海；三千浙江水兵在去年底就已起行，沈茂统领，如今已过德州；三千广东兵有张良统领，已在途中；1500狼山兵，由福日升统领，正月间乘船至山东灵山卫；还有同样正月间出海的三千沙兵，由梁天胤统领。
到了四月二十七日，陈璘率领的广东兵已到达辽东，而刘綎所率的川军已进入朝鲜义洲。五月，刑玠又题吴广领水兵属刘綎节制，陈璘领水兵赴鸭绿江从之。
至五月中旬，入朝的明军兵力已近十万人。
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就在大军集结完毕，准备再次南下作战的时刻，丁应泰于五月启程从朝鲜返回京师。
六月三日，通政司接到丁应泰递交上来的弹劾奏章，左通政一见事关重大，遂立即抄了副本，再将奏章投到宫里会极门文书房的收本处，而阁臣张位很快也已知道了揭贴的内容，顿觉心苦。
翌日，朱翊钧便看到了这封奏章，原来丁应泰以‘贪猾丧师、酿乱权奸、结党欺君’的罪名弹劾杨鎬等东征将领，一并还有阁臣张位及沈一贯。
揭贴上写道：“概论辽东巡抚杨鎬、总兵麻贵、副将李如梅等，蔚山之败，亡失无算，隐漏不以实闻。而次辅张位、三辅沈一贯，与鎬密书往来，交结欺敝也……杨鎬所当罪二十八事，可羞者十事；李如梅当斩者六，当罪者十……”
“呵呵，”朱翊钧看后只笑了一声，还算平静。自打石星欺君罔上之后，君臣之间脆弱的信任关系已经荡然无存，因为没什么信任可谈，所以这种事一再发生也不意外。
不过他也并非昏君，如今只是一家之言，他思索片刻，暗暗估算一下时间，而后问一侧的陈矩：“陈矩，刑玠的捷报是多久收到的？”
陈矩回忆了一下说：“正月十二内阁就知道了，若是算上路途花去的时间，至少捷报那时应该还未尝有败，就算有败的话。”
“丁应泰多久到的朝鲜？”
陈矩一听，心里隐隐有些猜测：“据臣收到的锦衣卫奏报，丁应泰在正月初这段时间还在辽东。”
“臣还记得二月初五，刑总督所上的总结疏，疏中只说撤军，但也未提及有遭败绩……所以臣以为，或许有两种可能。”陈矩又补充了一句。
“哦？你说说哪两种可能？”
“要么杨鎬等人确实有所隐瞒，或许事出有因吧，臣想。再者，也可能是丁应泰有些夸大其词，若按时间前推，蔚山之战他可能并没有亲眼目睹。”
朱翊钧打鼻子里哼了一声：“这个丁应泰也是有意思，参主谋杨鎬当罪二十八，李如梅当斩者六，当罪者十——他一个听令的将领倒成了罪孽深重的一个，丁应泰是料定朕不会杀他们？”
“还有一点，臣也有些疑惑，”陈矩紧接着说：“丁应泰自己审核的首级军功为一千二百，按理说要真是大败的话，还能有时间收人头计军功？”
朱翊钧笑而不语，半晌又吩咐陈矩：“此事为军国大事，命五府九卿科道会议丁应泰所奏之事。”
“臣遵旨，”陈矩应下。
他知道陛下应该相当重视弹劾一事，但有一事陛下却没提，杨鎬与辅臣密书往来那事，或许要看两位阁老会怎么说。
果不其然，张位和沈一贯很快都上了自辩疏。
沈一贯因子去世请假在家，但第二日，他的上辩疏就已经呈到御前，同时还有张位的。不过很巧的是，正当这个节骨眼，抱病在家的赵志皋却复工来内阁上班了，而丁应泰的弹劾正在发酵。
几日后，科臣赵完璧、徐观澜交相弹劾杨鎬，并及张位、沈一贯，致使二人再次上疏辩解，并乞休。
朱翊钧却一反常态，先是令杨鎬革任回籍，李如梅姑着策励供职，候堪明处分；六月十一，再令张位冠带闲住。