郑氏集团经营着规模如此庞大的海外贸易，严密的组织和制度上的保障是不可或缺的。郑成功在永历四年取得郑氏主导地位之后，便在原有的制度上进行了创造性的革新，确立了以“五商十行制度”，“公司制度”，“牌饷制度”为主的贸易经营管理体系。
“五商十行”的贸易体系始创于永历五年，组织形式和运行体制十分隐蔽，直到原本历史上郑成功部将黄梧的叛变，清廷对其都知之甚少。
这也是郑成功让冯澄世离开的原因，在当前的局势下，海外贸易的具体机密容不得半点泄露，这是明郑战胜满清的最大财源。
“五商”包括山、海两路，并称“十行”。山路五商包括金、木、水、火、土，设于内陆杭州及其附近地区，主要职责是收购各地货物，并将其运往厦门；海路五商包括仁、义、礼、智、信，设于厦门，负责将大陆的物资贩运到日国和南洋。
“十行”由郑氏集团的户官郑泰直接掌管，是一个自上而下的官商贸易体系，户官下设裕国、利民两个公库，具体负责船本、利息的收缴和各行的出入银两。另有察官负责稽查，各库的收支每日列册报告郑成功，经郑成功阅后标以日期，并盖印，以备核查。
除了山路五商购买货物所需之外，十行商人或其它商人也可以直接从户官郑泰手中或公库中领取资金，采办货物或贩货下海。贸易完成之后以货物或以本息的形式交还资金，资金多则几十万，少则几万。若是经营稳定，每次交易后可以仅付利息而不必偿还本金。
此外，郑氏集团内部还盛行“官商”，资金雄厚的高官大将一般会将资金和自购的商船委托给商人经营，往来贸易。洪旭，郑泰，冯澄世，周全斌等高官大将均有属于自己的船队，其中仅洪旭和郑泰两家掌握的资本便高达数十万两，这也使得他们的利益和郑成功高度绑定。
而郑氏集团中所谓的“公司制度”，便主要发生在“官商”之中，是一种利益最大化，分工明确的贸易方式，主要表现为货主，船员，散客集中出资，利益捆绑，然后按照出资比例分配最终收益。
其中，船主，财副，船员水手既是“公司”的管理者和员工，向货主们领取出海报酬，也是小股东，再加上专业的财务管理和贸易组织，海商海盗的二重性，堪称珍袖版的“东印度公司”。
至于“牌饷”，则是郑芝龙时代便已经创立的一种制度，大船两千一百两，小船五百两，每年要更换一次新牌，其本质上则是海上保护费的一种，持有牌照的海商在免受郑氏集团打击的同时，也受到其保护。
这在明廷形式上依旧实行海禁，同时缺乏海上力量，也根本不打算保护海外侨民，本国商船的时代，在某种程度上并不是一件坏事。
毕竟，这个时期，东南沿海处于一种十分混乱的局面，除了郑氏，日国，以及其他本土势力以外，还有荷兰，葡萄牙，西班牙，英国的海上力量从事贸易活动，每一家都是亦商亦盗，也都必须依托于强大武装力量的保护。否则，便是别人砧板上的鱼肉。
因此，为了确保自身的安全和贸易的成功，实力强大的郑氏集团便成为了大明海上私商的首选，郑氏的牌照不仅得到了大明，日国等沿海地方官的认同，也得到了荷英葡西等国殖民者的认同。
“关于海关的设置，下官已经按照藩主的要求，初步制定了章程和规划了相关部门的职能，但召集手下各个主管商议具体事宜的时候，有人觉得此事可以稍微延后，下官考虑之后，也觉得对方说得有些道理。”郑泰独自面对郑成功，心中有些紧张，这让他更加不敢说这是他自己的想法了。
“哦，说说看，这是为何？”郑成功身子微微前倾，一时压迫感十足。
郑泰听到郑成功发问，赶紧收敛心神，继续弓腰，拱手抱拳道：
“一来是当前浙闽江南，甚至是广东等地出海的私商都在五商的掌控之内，若是设置海关，五商也需调整，但出海的商人和货物却没有太多增加，而且货物交接的流程还变得繁琐了。如果等到将来克复潮惠，泉兴等商贸重地之后再设置，应该会更合适。
二来则是筹办海关需要水师协助，相关部门的设置其实还是现在各部改头换面而已，只是现今各行各部事务繁杂，人手紧缺，仓皇改革，需要从中抽调人手，恐怕最终会影响到和日国，南洋的贸易。
不过，下官觉得，藩主既然要设置海关，必有我等微小所不知的高瞻远瞩，海关也必然是大势所趋，便如同五商一般，乃是开天辟地，前无古人之举。”
“那你觉得呢？”郑成功微微挑眉，他必须改变这种手下不敢说话的局面，特别是郑泰这样的亲族和能人。
郑成功自然知道对方是什么意思，只不过碍于原主强势骄傲又锱铢必较的性格，不敢直言罢了。毕竟，直言的后果，施琅便是活生生的例子。
而郑泰的这些话也确实有道理，以明郑当前的实力和控制的区域，设置海关真的有些多此一举了，最多就是能约束到漳南六县，所带来的收益可能无法覆盖由此造成了其他损失。郑成功有些地方终究还是太急了。
“下官觉得......”郑泰不敢抬头看郑成功，脑子飞快运转，想着最合适的说辞，否决郑成功的想法他还是不敢的。
“下官觉得应该设置海关，不过因为当前以潮惠之战事为最重，粮饷军需耗费繁多，各处都忙得不可开交，可以先在月港设置，以少数人尝试管理，同时对出现的问题及时纠错，到了全面推广的之时，就能确保运行无阻了。”
“嗯，如此甚好！”郑成功听罢，当即点了点头。
这倒是最合适不过的做法。虽然说海关在做的事情郑泰下属的各部门和水师后军也在做，但性质还是有区别的，这是明郑从地方一霸蜕变成国家暴力机构的关键一步，也是郑成功将民政和郑家私产逐步区分开的关键一步。
“而且，若是要设置海关管理四海之商民，也需向陛下请旨，方能名正言顺，否则可能会影响到藩主的清誉。”郑泰得到郑成功的肯定之后，又继续说道。
名声确实是郑成功十分在乎的，这一点敏感度，待在对方身边那么久，郑泰还是清楚的。