香山县县衙接到巡抚衙门的命令之后丝毫不敢怠慢，立刻让县丞带着衙役和一队县兵赶往澳门。
澳门的耶稣会看见香山县衙这个架势，还以为朝廷里又出了什么问题，要搞第二个南京教案。但实际上，县衙带兵不过是为了照例充门面和防止匪徒袭击而已。广东地区一直都不太平，否则陈邦瞻就不会以兵部右侍郎的身份总督两广军务了。
误会很快解开，因为县兵并没有拿人，而是给了耶稣会一封来自徐光启的邀请函。尽管香山县丞的表情和语调和邀请二字有很大的差距，但函件上的内容不会是假的。
函上说，新帝御极，万象革新。皇帝不仅对新式数学很感兴趣，而且对那支受耶稣会赞助的新式军队非常满意。鉴于此，皇帝恩召取消“南京教案”的判罚，部分解除对耶稣会的限制。
函上还说，徐光启因为奏对得体，深得圣心，现已升任礼部尚书兼鸿胪寺卿。上任后，徐光启上疏力陈耶稣会于朝廷之用，得到圣上允准，给了他们一个进京面圣的殊荣。请耶稣会即刻启程、切莫迁延。
在朝廷的公函之外，还有一封以徐光启个人的名义写给耶稣会的信。徐光启在信上说，皇上有意将“西式通州兵”编入宫廷卫队，而且朝廷今后还要练兵以用来对付建州贼寇，所以请耶稣会赴京的时候尽可能地带钱、带人、带书、带枪、带炮，只要能得到圣上的垂青，就有望在神州大地广播耶稣基督的福音。
收到信函之后，继利窦玛之后的第二任耶稣会中华省会长龙华民可以说是欣喜若狂。
自圣方济·沙勿略于嘉靖三十一年抵达并病逝于广东上川岛，耶稣会人士来华已经六十八年了。其间，他们曾多次求见大明的君主，但除了利窦玛在万历二十九年进行过一次另类的“面圣”之外，耶稣会人便再没有与帝国的最高统治者有过新的接触。
进京觐见中国的皇帝，向他宣传欧洲的科学与文化，并通过皇帝自上而下地打开向中国传教的大门，是自第一代耶稣会人来华之后就一直梦寐以求的事情。
经过数十年的接触与摸索，来华的传教士群体终于开始意识并承认，大明或者说亚洲与欧洲的不同之处。
从朱元璋建国以来，大明始终保持着对周边各国的凌驾态势。明长城建成后，北方的问题也从敌国入侵变成了经年边衅。除正统十四年那次惊天动地的土木堡惨败，以及嘉靖年间短暂的庚戌之变之外，帝国的北部国门——京师，再没有受到过外敌的威胁。
大明与周边政权的关系并不是平等的国与国的关系，而是君与臣的宗藩关系，在朝廷的认知中，欧洲人的地位可能比朝鲜人还低，最多比倭国的海盗高那么一点。
耶稣会来华的最初一段时间里，绝大多数明朝的官员对耶稣会的态度甚至都不是敌视而是漠视。即，“仿佛不特没有人来赞同，并且也还没有人来反对”，外夷而已，能抚就抚，不能抚就剿。这一情况一直持续到利窦玛开始阅读中国文学，并对中国典籍进行钻研。
他用一把精巧的钥匙打开了中华帝国的通风口，但也因此惊到了儒教的卫道士。万历四十四年的南京教案就是明代士大夫对耶稣会发起的一次进攻，自那以后，耶稣会的在华传教活动受到了全面打击，传教活动全面停滞。
不过就算是这样，进攻的发起者也必须将基督教当描绘成与白莲教无异的邪教，才能得到朝廷和皇帝的重视。