返回洛邑后，伍伺仁依据军委会派发的任务指令，第一时间派孙立人带兵接手了大别山的门户六安和霍山的防务，同时命令胡伯玉率领所部继续加固蓼城一带的阵地，绝不可让东瀛军队通过大别山。
因为“了解”东瀛军队接下来的进攻动态，自接防豫州开始，伍伺仁就对境内重点的军事要地和战略要道增派了守军，同时修筑了大量的防御工事，蓼城这个重点区域自然也不例外，原历史上著名的富金山战役就发生在此地。
从金陵撤退到豫州已经快四个月了，经过这段时间的休整，税警总团已经逐渐恢复了元气，通过截留其他部队的大量伤员，加上招募训练的青壮，税警总团的兵力已经激增到了十五万人。如果算上受伍伺仁管辖的楚军以及地方保安团和预备役，伍伺仁现在掌控的总兵力已经超过了三十万人。
军队人数的暴增，必然导致单兵实力的下降，所以趁着还有一个半月到两个月的难得的休养生息的时间，伍伺仁决定以打代练，开始在豫州和大别山周边地区发动新兵进行剿匪。
民国时期土匪猖獗，豫州更是名列前茅的重灾区，据不完全统计，在抗战前夕豫州有四十多万的土匪，其中豫西就有十万，这还都是专职的土匪，那些平时务农、饥荒时出来抢劫谋生的“业余”土匪如果也算进去，那就更是一个天文数字了。
豫州的土匪不光是数量多，或许由于“历史悠久”的缘故，他们的“游击战术”也相当厉害，当年无论是军阀部队、国府中央军还是红党方面的军队都曾在豫州的土匪身上吃过大亏。
伍伺仁此前虽然从来就没剿过匪，但他手上有特战队这张王牌，并不担心自己会失败。
不管是正面战斗还是小股部队的袭扰战，伍伺仁都不畏惧。在他看来这些畏威望德的土匪根本就不敢跟他硬碰硬，而且他新近成立的两支山地师非常需要实战锻炼，正好拿这些土匪开刀。
由于豫州土匪太多，以致于下面的农村山寨几乎每户人家都与土匪沾亲带故，民间又因“江湖义气”普遍以通官告密为耻，加之百姓害怕土匪报复，一般很少会有人出面检举揭发，结果剿匪工作刚开始就遇上了困难。
伍伺仁当然不会轻言放弃，他并不信邪，一面加强了对地方的管制，将各地保安团的驻地打乱，避免“兵匪勾结”，另一面将一千五百多特战队员分区域洒出，充当引路人，进行逐区清剿，同时宣传“只诛首恶，胁从不问”，“坦白从宽，抗拒从严”剿匪方针，总算将豫州的匪患基本平息了下来，令一度沦为贼窝的豫西地区渐渐重现了太平景象。
尽管如此，豫州的剿匪工作还是足足耗费了半年之久，零星的匪乱直到抗战胜利后伍伺仁带兵离开也没有完全消失。
这次清剿匪患，伍伺仁损失了近万手下官兵，而且也多少影响到了他在正面战场的对东瀛作战。很多看伍伺仁不顺眼的政敌都因为这次剿匪事件批评他“因小失大”，“本末倒置”，幸亏豫州此后抗击东瀛的巨大成果让这些家伙闭了嘴，伍伺仁也赢得了豫州大多数百姓的支持，成为了少有被后世历史认可的国府有为官员。